يعتبر التمويل عصب الحياة لأية منظمة. إذ يعتمد نجاح أية منظمة وفشلها ومستقبلها إلى حد كبير على قدرتها على توفير التمويل الكافي في الوقت المناسب وكذلك توليد فائض لفترة من الزمن. وهذا يكتسب أهمية أكبر بالنسبة لمؤسسة تعليمية خاصة.

تتبع جامعة ظفار إجراءات فاعلة للإدارة المالية تحظى بدعم وتوجيه مجلس الإدارة. يجتمع مجلس الإدارة بانتظام (كل ثلاثة أشهر) ويراقب الإنفاق الفعلي مقارنة بالأرقام المدرجة على الميزانية.

وتعتمد جامعة ظفار مجموعة شاملة من السياسات والإجراءات المنصوص عليها في اللوائح المالية لحماية أموال الجامعة. يتولى نائب رئيس الجامعة ومدير الشؤون المالية مسؤولية التخطيط والإشراف والرقابة على العمليات المالية للجامعة.

تتبع الجامعة نهجا تصاعديا (من القاعدة للقمة) في إعداد ميزانيتها السنوية، مما يضمن تخصيص موارد مالية كافية من ميزانية الجامعة لمختلف الأنشطة الأكاديمية وخدمات الدعم. تقع على عاتق مراكز التكلفة الفردية مسؤولية ضمان كفاية الميزانية المخصصة لها لدعم أهدافها وأولوياتها.

يتمتع رؤساء مراكز التكلفة المختلفة بالسلطة الكاملة لاتخاذ القرارات المالية لمراكزهم ضمن الميزانية المخصصة لمركزهم ومع مراعاة التخصيص لمختلف رؤساء الوحدات. ومع ذلك، تتطلب جميع هذه القرارات الحصول على موافقة نهائية من قسم الشؤون المالية لضمان الامتثال للوائح المالية للجامعة.

تم تسجيل جامعة ظفار باسم "شركة جامعة ظفار (ش.م.ع.م)". وبناء على ذلك، يقوم مراجع حسابات خارجي بمراجعة دفاترها المالية كل عام. المدقق الخارجي هو شركة إرنست آند يونغ (E&Y) ، وهي شركة مستقلة عن الجامعة وكبار موظفيها وأعضاء مجلس الإدارة. وتصدر البيانات المالية المدققة مرة واحدة في السنة.

ويقوم قسم الشؤون المالية بإعداد البيانات المالية السنوية وعرضها على مدققي الحسابات الخارجيين كل عام مع تفويضهم بالتحقق من جميع الدفاتر والسجلات والوثائق والاطلاع على المعلومات والتقارير التي يراها ضرورية لتنفيذ مهمته على أكمل وجه.

لدى الجامعة أيضا وحدة للتدقيق الداخلي ترفع تقاريرها إلى مجلس الإدارة ورئيس الجامعة. يتمثل الدور الرئيسي لوحدة التدقيق الداخلي بدراسة الإجراءات الداخلية وتدابير الرقابة لضمان مراعاة جميع المتطلبات القانونية واللوائح الداخلية للجامعة وغيرها من القواعد واللوائح. كما تساعد الوحدة إدارة الجامعة في تحديد أوجه القصور أو الضعف وتقديم التوصيات ذات الصلة لتصحيحها وتصحح الأخطاء التي يكتشفها المدقق الخارجي وتبلغ رئيس الجامعة بذلك وترفع تقارير ربع سنوية عن عملها إلى رئيس الجامعة.